생각하시는게 맞는거 같은데요, 혹시 동영상이나 프로그램이 해당 하드에 설치된건 아닌지? 맞다면 뭐 걱정안하셔도 됩니다.

하드가 늦게 동작하는 부분은..
제어판-전원옵션-기본 전원 관리 옵션에서 설정 변경 클릭-
고급 전원관리 옵션 설정 변경- 하드디스크 항목에서 
'다음 시간이후 하드 디스크 끄기 설정을 '0'으로 변경후 적용 확인하면 해결 될 겁니다.

하드가 기면증에 걸린것 같습니다.

제가 그 동안 혼자서 컴퓨터때문에 고생한 기억을 전부 종합해 볼 때 그렇게 우웅 소리가 나면서 버벅이는 현상은 HDD가 맛 가기 직전의 전조증상입니다. 저의 경우 300G HDD를 토렌트 전용으로 쓰다가 나중에 서브컴에서 운영체제용 HDD로 바꾸었는데 얼마 안 가서 그렇게 되더라구요.

처음엔 그렇게 크게 불편하지는 않아서 어 이상한데 싶다가 어느 순간부터는 가끔 컴퓨터가 안 켜질 때도 있고 잘 될 때도 있다를 반복하다가 갑자기 통수를 치고 컴퓨터가 안 켜집니다. 그 때는 데이터 백업하고 싶어도 백업도 하기 힘들어지는 상태가 됩니다.

물론 제 이야기가 백프로 맞다고는 못 하겠지만 제 경험담이니까 주의하시고 만약에 컴퓨터가 멈추는데 모니터에 마우스는 움직인다거나 가끔 잘 안 켜진다거나 하면 빨리 다른 HDD 사서 자료부터 백업해놓으세요.